Phát triển các viện nghiên cứu và trường đại học thành những chủ thể nghiên cứu mạnh đang là mục tiêu quan trọng được nhấn mạnh trong Nghị quyết số 57-NQ/TW của Bộ Chính trị. Để hiện thực hóa mục tiêu này, các viện nghiên cứu và trường đại học cần tập trung vào nâng cao chất lượng, chiều sâu, cũng như tăng cường liên kết và tính khả thi của các đề tài nghiên cứu. Một yếu tố quan trọng khác là phát triển mô hình hợp tác chặt chẽ giữa các trường đại học, viện nghiên cứu, doanh nghiệp, và địa phương. Qua đó, tạo ra một chuỗi giá trị khép kín từ nghiên cứu cơ bản đến ứng dụng và thương mại hóa.

Theo đánh giá của các chuyên gia, một trong những thách thức lớn hiện nay là vấn đề tài chính cho hoạt động nghiên cứu. Trong bối cảnh ngân sách dành cho khoa học còn hạn chế, việc tập trung nguồn lực cho các nghiên cứu ứng dụng mang tính liên ngành và đa giai đoạn đang là một thách thức lớn. Hiện nhiều nghiên cứu chỉ mới dừng lại ở giai đoạn công bố trên các tạp chí quốc tế, báo cáo tại các hội nghị khoa học, hoặc tham gia các cuộc thi về khoa học mà chưa thể tiến tới giai đoạn chuyển giao công nghệ hoặc sản xuất thử nghiệm.
Để tháo gỡ khó khăn này, các viện nghiên cứu và trường đại học cần xây dựng cơ chế tài chính linh hoạt và hấp dẫn hơn. Điều này bao gồm việc thành lập quỹ hỗ trợ riêng cho các giai đoạn chuyển tiếp từ kết quả nghiên cứu cơ bản sang sản phẩm thử nghiệm, từ phòng thí nghiệm đến sản xuất trên quy mô lớn. Các sản phẩm nghiên cứu có tiềm năng ứng dụng cao nên được ươm tạo trong các trung tâm hỗ trợ khởi nghiệp đổi mới sáng tạo. Tại đây, các nhà khoa học, nhà đầu tư, và chuyên gia thị trường có thể làm việc cùng nhau để thúc đẩy quá trình thương mại hóa.
Bên cạnh hỗ trợ tài chính, việc tạo dựng cơ chế rõ ràng để tuyển dụng, sử dụng, và đãi ngộ đội ngũ nghiên cứu khoa học cũng là yếu tố quan trọng. Điều này đặc biệt cần thiết để thu hút và giữ chân các nhà khoa học trẻ, giúp họ có thể yên tâm cống hiến và phát triển sự nghiệp trong môi trường nghiên cứu tại Việt Nam. Sự thiết lập của một hệ sinh thái kết nối ba nhà: nhà nước – nhà khoa học – doanh nghiệp sẽ tạo điều kiện để các sản phẩm nghiên cứu được đưa vào thực tiễn một cách hiệu quả. Qua đó, đóng góp trực tiếp vào sự phát triển kinh tế – xã hội của đất nước.
Với định hướng phát triển khoa học công nghệ rõ ràng từ Nghị quyết 57, cùng với sự quan tâm và đầu tư đúng đắn từ Nhà nước, cũng như sự vào cuộc tích cực của các bên liên quan, nền khoa học công nghệ Việt Nam được kỳ vọng sẽ có những bước tiến quan trọng. Các viện nghiên cứu và trường đại học sẽ từng bước hình thành một hệ sinh thái nghiên cứu, ứng dụng, và thương mại hóa bền vững, trong đó họ thực sự giữ vai trò nòng cốt.