Cục Thuế (Bộ Tài chính) vừa ban hành Công văn 2386/CT-CS ngày 10/7/2025, hướng dẫn mới về xử lý một số vấn đề liên quan đến sắp xếp tổ chức bộ máy nhà nước trong các văn bản quy phạm pháp luật về quản lý thuế từ ngày 01/7/2025. Văn bản này cung cấp thông tin quan trọng về việc phân cấp, phân quyền và phân định thẩm quyền giữa các cấp chính quyền địa phương trong lĩnh vực thuế và quản lý thuế.

Cục Thuế lưu ý rằng, về nội dung phân cấp, phân quyền, phân định thẩm quyền chính quyền địa phương 2 cấp liên quan đến lĩnh vực thuế và quản lý thuế, Chính phủ đã ban hành Nghị định số 122/2025/NĐ-CP và Nghị định số 125/2025/NĐ-CP, quy định về phân quyền, phân cấp trong lĩnh vực quản lý thuế và phân định thẩm quyền của chính quyền địa phương 2 cấp. Bộ Tài chính cũng đã ban hành Thông tư số 40/2025/TT-BTC, sửa đổi, bổ sung một số điều của các Thông tư thuộc lĩnh vực quản lý thuế.

Một số nội dung đáng chú ý trong các văn bản trên bao gồm:

Thứ nhất, về thẩm quyền xóa nợ thuế từ 15 tỉ đồng trở lên đối với doanh nghiệp, hợp tác xã tại Nghị định số 122/2025/NĐ-CP. Theo đó, thẩm quyền quyết định xóa nợ đối với doanh nghiệp, hợp tác xã thuộc trường hợp quy định tại khoản 3 Điều 85 của Luật Quản lý thuế có khoản nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt từ 15.000.000.000 đồng trở lên được Thủ tướng Chính phủ phân quyền cho Bộ trưởng Bộ Tài chính.

Thứ hai, về các thẩm quyền được phân định cho UBND cấp xã tại Nghị định số 125/2025/NĐ-CP. Các thẩm quyền sau đây được chuyển từ Chủ tịch UBND cấp huyện cho Chủ tịch UBND cấp xã, bao gồm: Quyết định thành lập Hội đồng tư vấn thuế cấp xã; Ban hành quyết định cưỡng chế đối với các quyết định hành chính về quản lý thuế do chính cấp xã ban hành; Phối hợp cấp, thu hồi giấy chứng nhận đăng ký hộ kinh doanh, hợp tác xã đối với trường hợp đã được xóa nợ; Thực hiện phân hạng đất tính thuế sử dụng đất nông nghiệp; Thành lập Hội đồng định giá tài sản khi thực hiện cưỡng chế.

Thứ ba, về các nội dung sửa đổi, bổ sung để phân định thẩm quyền của chính quyền địa phương theo mô hình tổ chức chính quyền địa phương 2 cấp tại Thông tư số 40/2025/TT-BTC. Theo đó, thành phần của Hội đồng tư vấn thuế cấp xã đã có sự thay đổi, và một số nhiệm vụ của Đội thuế được điều chỉnh thành Thuế cơ sở.

Nhìn chung, các hướng dẫn mới này của Cục Thuế nhằm cụ thể hóa các quy định pháp luật về quản lý thuế và phân định thẩm quyền giữa các cấp chính quyền địa phương. Việc này sẽ giúp cho việc quản lý thuế trở nên rõ ràng và hiệu quả hơn, đồng thời tạo điều kiện thuận lợi cho việc sắp xếp tổ chức bộ máy nhà nước trong lĩnh vực thuế.

Thương mại điện tử đang ngày càng trở thành một phần quan trọng của nền kinh tế, tuy nhiên việc quản lý thuế trong lĩnh vực này đang gặp nhiều thách thức. Theo báo cáo của Thanh tra Chính phủ, nhiều cá nhân và tổ chức kinh doanh trên các nền tảng thương mại điện tử như Google, Facebook, YouTube, Zalo… nhưng không đăng ký mã số thuế. Tình trạng này đã dẫn đến thất thu thuế do thiếu các quy định kiểm soát dòng thanh toán.

Để khắc phục vấn đề này, Thanh tra Chính phủ đã đề nghị Bộ Tài chính bổ sung các cơ chế giám sát, kiểm tra việc kê khai và nộp thuế đối với tổ chức, cá nhân kinh doanh trên nền tảng thương mại điện tử hoặc mạng xã hội. Bộ Tài chính đã phản hồi và cho biết rằng Luật số 56/2024/QH15 quy định, đối với hoạt động kinh doanh thương mại điện tử và các dịch vụ số được thực hiện bởi nhà cung cấp nước ngoài, họ phải trực tiếp hoặc ủy quyền đăng ký, khai và nộp thuế tại Việt Nam.

Đối với các hộ và cá nhân kinh doanh trên nền tảng thương mại điện tử, tổ chức là nhà quản lý sàn giao dịch thương mại điện tử hoặc nền tảng số có chức năng thanh toán, bất kể trong hay ngoài nước đều phải thực hiện khấu trừ, nộp thuế thay và kê khai số thuế đã khấu trừ. Bộ Tài chính cũng đề xuất quy định bắt buộc ‘các chủ thể kinh doanh thương mại điện tử xuyên biên giới phải thực hiện thanh toán qua cổng thanh toán chuyên biệt’. Biện pháp này sẽ giúp kiểm soát thông tin giao dịch, từ đó hạn chế thất thu thuế trong môi trường số.

Ủy ban nhân dân TP. Hà Nội cũng kiến nghị Bộ Tài chính bổ sung quy định hộ kinh doanh bắt buộc phải đăng ký tài khoản ngân hàng/giao dịch điện tử phục vụ riêng cho hoạt động kinh doanh. Thông qua tài khoản giao dịch riêng, cơ quan quản lý có thể kiểm soát dòng tiền thuận tiện hơn.

Về số liệu thu thuế, Tổng thu thuế từ các tổ chức, cá nhân có hoạt động thương mại điện tử trong giai đoạn 2022-2024 đạt khoảng 296.000 tỷ đồng. Riêng 6 tháng đầu năm 2025, số thu từ khu vực này đạt 98.000 tỷ đồng, tăng 58% so với cùng kỳ năm trước. Trong đó, 163 nhà cung cấp nước ngoài đã đăng ký thuế, kê khai và nộp thuế qua Cổng thông tin điện tử với tổng số tiền là 5,7 nghìn tỷ đồng, tăng 41% so với cùng kỳ; 88,6 nghìn tỷ đồng tiền thuế đến từ gần 93.000 tổ chức, cá nhân có hoạt động kinh doanh thương mại điện tử; số tiền thuế đã nộp từ 130 nghìn hộ, cá nhân kinh doanh thực hiện đăng ký thuế, khai thuế, nộp thuế trên Cổng thông tin điện tử là gần 1,7 nghìn tỷ đồng. Cuối cùng, số thuế thu được từ 752.176 trường hợp là cá nhân, hộ kinh doanh có hoạt động kinh doanh thương mại điện tử với là gần 1,5 nghìn tỷ đồng.

Tìm hiểu thêm về chính sách thuế đối với thương mại điện tử tại Việt Nam.

Từ ngày 1/1/2026, Chính phủ sẽ bãi bỏ hình thức thuế khoán và thay thế bằng việc tự khai, nộp thuế theo doanh thu thực tế. Sự thay đổi này đang khiến nhiều hộ kinh doanh cảm thấy lo lắng về việc tăng chi phí, giảm lợi nhuận, cũng như gặp khó khăn do thiếu kiến thức và kỹ năng công nghệ, cùng với sự phức tạp của các thủ tục đăng ký và kê khai.

Việc bãi bỏ thuế khoán và áp dụng hình thức tự khai, nộp thuế theo doanh thu thực tế được xem là một bước đi quan trọng để tăng tính minh bạch trong hoạt động kinh doanh. Theo Nghị định 70/2025/NĐ-CP (Nghị định 70), các hộ kinh doanh đang nộp thuế theo phương pháp khoán và có doanh thu từ 1 tỷ đồng/năm trở lên sẽ phải sử dụng hóa đơn điện tử từ máy tính tiền có kết nối dữ liệu điện tử với cơ quan thuế.

Ông Đậu Anh Tuấn, Trưởng ban Pháp chế, Phó Tổng thư ký Liên đoàn Thương mại và Công nghiệp Việt Nam (VCCI), cho rằng Nghị định 70 là một bước đi quan trọng của Chính phủ nhằm tăng cường tính minh bạch, hiện đại hóa hệ thống quản lý thuế và từng bước xây dựng môi trường kinh doanh công bằng, hiệu quả.

Tuy nhiên, khảo sát của VCCI với gần 1.400 hộ kinh doanh trên toàn quốc cho thấy, nhiều hộ kinh doanh vẫn còn lo lắng và chưa hiểu rõ về Nghị định 70. Có đến 94% hộ kinh doanh được khảo sát trực tiếp đã biết đến Nghị định 70, nhưng chỉ khoảng 11% thực sự hiểu rõ nội dung và nghĩa vụ của mình. Đặc biệt, hơn 50% cho biết chưa từng nhận được hỗ trợ rõ ràng từ cơ quan thuế ở địa phương.

Bà Nguyễn Thị Khánh Ly, chủ hộ kinh doanh Phạm Gia tại Hà Nội, cho rằng chính sách thuế mới đang tạo ra nhiều áp lực cho các hộ kinh doanh. Trước đây, phần lớn hộ kinh doanh đều quen với việc nộp thuế khoán, hình thức áp mức thuế cố định hàng tháng, không yêu cầu ghi chép sổ sách hay kê khai doanh thu chi tiết.

Ông Nguyễn Đình Cư, Phó chủ tịch kiêm Tổng thư ký Hội Tư vấn Thuế Việt Nam (VTCA), cho rằng tâm lý lo lắng của các hộ kinh doanh là dễ hiểu. Việc áp dụng hóa đơn điện tử từ máy tính tiền là một thách thức lớn đối với các hộ kinh doanh nhỏ lẻ.

VCCI khuyến nghị cần chủ động truyền thông toàn diện, dễ hiểu và đúng đối tượng, đặc biệt với nhóm hộ kinh doanh nhỏ lẻ, ở khu vực nông thôn hoặc ngành nghề có tỷ lệ nhận biết thấp. Cơ quan thuế cần xây dựng các tài liệu hướng dẫn trực quan như sổ tay, infographic, quy trình minh họa… để hộ kinh doanh dễ nắm bắt và triển khai.

TS. Cấn Văn Lực, thành viên Hội đồng Tư vấn chính sách của Thủ tướng Chính phủ, cho rằng phần mềm kê khai nộp thuế cần hết sức dễ hiểu, dễ sử dụng; mô hình quản trị cũng phải cực kỳ đơn giản cho hộ kinh doanh. Cần phải xem xét lại mức doanh thu phải sử dụng hóa đơn điện tử.

Cơ quan thuế khẳng định Nghị định 70 không làm ảnh hưởng đến hoạt động kinh doanh của các hộ, cá nhân kinh doanh. Việc áp dụng và triển khai hóa đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền nhằm đảm bảo thực hiện nghĩa vụ thuế trên doanh thu thực tế phát sinh, tạo môi trường sản xuất kinh doanh công bằng, minh bạch.