Ổ USB có thể gây ra các mối đe dọa bảo mật nghiêm trọng cho máy tính thông qua phần mềm độc hại. Chuyên gia tư vấn người dùng tránh sử dụng các ổ USB đã qua sử dụng hoặc không rõ nguồn gốc. Nếu cần sử dụng, nên dùng máy tính phụ và ngắt kết nối mạng. Ngoài ra, USB có thể bị nhiễm spyware hay ransomware, tấn công và mã hóa dữ liệu rồi yêu cầu thanh toán.
